해저── 이 지구의 일부임에도 불구하고, 여전히 수수께끼로 가득 찬 미지의 세계입니다.
모든 사건은 어느 여름 방학에 시작됩니다. 배를 타고 남쪽으로 여행하던 중, 일행은 갑작스러운 큰 폭풍을 만납니다.
주인공 하루키와 그의 여동생 미나모, 그리고 소꿉친구 나츠미는 모두 거친 바다에 빠지고 맙니다.

이미 죽음을 받아들였던 하루키가 다시 의식을 되찾았을 때──

그는 호화로운 침대 위에 누워 있는 자신을 발견합니다. "햇빛조차 닿지 않는 이곳은 수심 5,000미터 깊이입니다.
우리는 해저인이며, 이곳은 해저 도시 아탈란시아입니다."

동물 귀를 가진 메이드, 로자니아가 무심한 태도로 그에게 알립니다. 그리고 당황한 하루키에게 결정타를 날리듯 한 마디가 더해집니다. "하루키 님을 아탈란시아로 데려온 것은 다름 아닌 저였습니다."

아탈란시아의 공주 이리오넬라의 뺨이 분홍빛으로 물듭니다
── "갑작스러운 부탁이라는 것도 알고 무척 부끄럽지만── 저와 결혼해 주시겠어요?"
해저 공주의 첫눈에 반한 사랑에, 그녀의 동생인 제2공주 릴까지 가세하며 심해에서의 생활이 시작됩니다.
갑작스럽게 솟구치는 사랑의 소용돌이. 이 이종 문화 간의 사랑은 과연 어디로 흘러가게 될까요?